Le strutture della Seconda Università degli studi di Napoli si dividono in strutture per la Didattica, strutture per la Ricerca, strutture di Servizio e strutture afferenti al sistema Bibliotecario.

Facoltà

Sono le strutture didattiche fondamentali dell'Università; si articolano in corsi di laurea e corsi di laurea specialistica/magistrale.
Sono presenti, nell’ambito delle Facoltà dell’Ateneo, le Scuole di Specializzazione il cui scopo è il perseguimento dell’attività di specializzazione, rientrante fra i compiti istituzionali dell’Università.
Le Facoltà possono altresì attivare al loro interno corsi di master e corsi di perfezionamento con specifiche finalità.

Dipartimenti 

Sono strutture organizzative che promuovono e coordinano l’attività di ricerca di uno o più settori disciplinari omogenei per finalità o per metodo nel rispetto dell'autonomia di ogni singolo docente e ricercatore. I dipartimenti concorrono altresì all’attività didattica e di servizio e, nella facoltà di medicina e chirurgia, anche all’espletamento dell’attività assistenziale nei modi stabiliti nel regolamento generale di ateneo.

Centri di ricerca e di servizio

Musei

Biblioteche

Il sistema bibliotecario di ateneo, cui afferiscono le biblioteche e i centri di documentazione dell’università, ha lo scopo di sviluppare ed organizzare in forme coordinate le funzioni di acquisizione, conservazione e fruizione del patrimonio bibliotecario e documentale, nonché il trattamento e la diffusione dell’informazione bibliografica.